ساختار این دفتر و گروه های کاری آن در طول زمان و به فراخور مسئولیت ها و نیازها دستخوش تغییرات فراوانی گردیده اما همواره دو گروه کاری لرزه زمین ساخت و زمین شناسی مهندسی آن در معاونت زمین شناسی به فعالیت مشغول بوده‌اند. در ابتدای دهه 70 این فعالیت ها در غالب مجموعه ای با نام "مدیریت لرزه زمین ساخت و ژئوتکنیک" دنبال گردید که از چهار گروه لرزه زمین ساخت، زمین شناسی مهندسی، ژئوتکنیک و زمین ساخت تشکیل گردیده بود. در سال 1378 با تغییر ساختار سازمان، تغییراتی نیز در ساختار مدیریت ایجاد شد و نام مدیریت به "مدیریت زمین شناسی مهندسی و زیست محیطی" تغییر یافت که از چهار گروه لرزه زمین ساخت، زمین شناسی مهندسی، ژئوتکنیک و زمین شناسی زیست محیطی تشکیل می گردید. در سال های بعد این مجموعه به "مدیریت زمین شناسی مهندسی، مخاطرات و زیست محیطی" تغییر نام یافت.

بی تردید ارتقا جایگاه این مدیریت و رشد و شکوفایی این فعالیت ها در کشور و سازمان مرهون تلاش های کلیه پرسنل این مدیریت از ابتدا تا کنون بوده ولی نقش آقایان مهندس محمدحسین ایرانمنش، دکتر منوچهر قرشی، مهندس ناصر حسینخان ناظر، مهندس فرهاد انصاری مقدم  و مهندس محمد جواد بلورچی به عنوان مدیران پیشین این مجموعه از اهمیت ویژه‌ای برخوردار می باشد.

در سال 1391 با ارتقا این مجموعه از مدیریت به دفتر چارتی با نام"دفتر بررسی مخاطرات زمین شناختی، زیست محیطی و مهندسی" دربرگیرنده گروه های زیر به تصویب رسید که هم اکنون با همین ساختار به فعالیت مشغول است:

1- گروه زمین شناسی مهندسی و ژئوتکنیک

2- گروه لرزه زمین ساخت و زلزله شناسی

3- گروه زمین شناسی زیست محیطی

4- گروه آب زمین شناسی

در حال حاضر آقای مهندس امیر شمشکی مدیریت این دفتر را بر عهده دارند.